まずは目的を明確にしましょう。
特定のスキルを身に付けたい、勤務地にこだわりたい、仕事内容にこだわりたい、正社員求人が乏しいなど、派遣社員という働き方を選ぶ理由・事情は色々あると思いますが、派遣会社も様々で、業界、職種、勤務地、研修制度、労働条件、福利厚生などの点で各々に強み・弱みがあります。目的が違えば手段も違うわけですから、何を基準に選ぶかはあなたの目的次第と言えます。
例えば、スキルアップが前提なら、そのための研修制度が整っている会社、あるいは実務を通して目的のスキルアップがはかれる案件(派遣先)を多く抱えている会社を選ぶことになりますし、仕事内容にこだわりがあれば業界・職種に特化した会社を、勤務地限定であれば地域密着型の会社を、派遣先として特定の会社を希望するのなら、その子会社やグループ企業として運営されている会社を選ぶ方が断然有利です。これらは派遣会社の企業情報や求人案件を調べることである程度把握することができます。
具体的な注意点としては、過去に同様の相談事例がありますので、こちらをご参照下さい。
派遣会社はどうやって選べばいい?
http://kapu.biglobe.ne.jp/rich/mon/20030908.html